Pred druhou svetovou vojnou tvorili Židia až 40 % obyvateľstva Bardejova a regiónu. Mesto bolo domovom bohatej náboženskej a kultúrnej židovskej komunity, ktorá sa podieľala na jeho rozvoji. Táto komunita bola počas holokaustu tragicky zničená – viac ako 3 000 židovských obyvateľov bolo deportovaných do geta, koncentračných a vyhladzovacích táborov v okupovanom Poľsku. V roku 1948 žilo v Bardejove už len 250 Židov. Dnes v meste nežije žiadna židovská komunita.

Emil A. Fish, zakladateľ BJPC, sa po viac ako 50 rokoch vrátil do svojho rodiska v roku 2005. Po návšteve zanedbaných cintorínov a chátrajúcich synagóg sa rozhodol konať. Zo svojich vlastných prostriedkov začal obnovu týchto pamiatok ako poctu tým, ktorí tu žili, modlili sa a zomreli. V roku 2006 založil BJPC a o desaťročie neskôr vznikol aj lokálny slovenský partner – Fond židovského dedičstva v Bardejove n.o. .